Căn nguyên gây bệnh và các phương pháp vi sinh chẩn đoán

(Tham khảo chính: 4815/QĐ-BYT )

2.1. Tổng quan về căn nguyên gây viêm phổi mắc phải cộng đồng

Các căn nguyên vi khuẩn gây VPMPCĐ thường gặp bao gồm: Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Staphylococcus aureus, Mycoplasma pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Legionella spp., Chlamydophila và Moraxella catarrhalis. Influenza A virus, Influenza B virus, RSV, Adenovirus và các Coronavirus thường là căn nguyên virus hàng đầu gây VPMPCĐ [4]. Do các dữ liệu về căn nguyên gây VPMPCĐ trước kia chủ dựa vào nuôi cấy kinh điển có hoặc không kết hợp với phương pháp huyết thanh học nên còn những điểm hạn chế. Các nghiên cứu trong hơn một thập kỷ qua ứng dụng nhiều tiến bộ của kỹ thuật sinh học phân tử với độ nhạy, độ đặc hiệu cao cho chẩn đoán cùng với việc sử dụng vaccine phòng S. pneumoniae rộng rãi đã làm thay đổi sự hiểu biết về các căn nguyên gây VPMPCĐ [5, 6].

2.2. Đặc điểm của các căn nguyên gây VPMPCĐ

2.2.1. Căn nguyên vi khuẩn

Nhiều nghiên cứu về các bệnh nhân VPMPCĐ cho thấy hầu hết căn nguyên phát hiện được là vi khuẩn.

- S.pneumoniae chiếm 75% trong số các tác nhân gây VPMPCĐ ở thời kỳ tiền kháng sinh [3, 7]. Gần đây chỉ còn chiếm khoảng 5-15% căn nguyên phát hiện được ở Mỹ [8, 9], nhưng có thể cao hơn ở một số nước khác [10]. Thực tế, tỷ lệ VPMPCĐ do S.pneumoniae được cho là cao hơn các số liệu có từ nghiên cứu vì người ta cho rằng có nhiều ca VPMPCĐ do S. pneumoniae có kết quả nuôi cấy âm tính. Lý do mà S.pneumoniae vẫn được cho là tác nhân gây VPMPCĐ thường gặp vì ở những bệnh nhân VPMPCĐ có cấy máu dương tính thì đến 58-81% phân lập được S.pneumonia [11, 12]. Theo ước tính trong nghiên cứu phân tích gộp thì cứ mỗi ca viêm phổi có nhiễm trùng huyết do S.pneumoniae sẽ có ít nhất thêm ba ca viêm phổi do S.pneumoniae mà không kèm theo có nhiễm trùng huyết [13].

- H.influenzae là một tác nhân quan trọng gây viêm phổi ở người già và ở những bệnh nhân có bệnh lý nền ở phổi như bệnh lý xơ nang phổi, bệnh phổi tắc nghẽn mạn tính.

- M.pneumoniae là căn nguyên gây viêm phổi không điển hình phổ biến nhất, chiếm khoảng 15% các ca viêm phổi được điều trị tại các cơ sở cấp cứu nhưng chẩn đoán chủ yếu dựa trên phương pháp huyết thanh học. Tuy nhiên, các nghiên cứu về huyết thanh học có thể ước tính tỷ lệ mắc cao hơn so với thực tế. Tỷ lệ nhiễm M.pneumoniae cao nhất ở trẻ em lứa tuổi đến trường, ở nhóm tân binh và sinh viên [14].

- Tỷ lệ VPMPCĐ do C.pneumoniae khác nhau ở các nghiên cứu khác nhau, từ 0- 20% [15-17]. Phương pháp chẩn đoán huyết thanh học không phân biệt được tình trạng đã nhiễm hay đang nhiễm C.pneumoniae. Các nghiên cứu gần đây sử dụng kỹ thuật sinh học phân tử phát hiện được C.pneumoniae dưới 1% các ca VPMPCĐ [8, 10]. Không như các nhiễm trùng hô hấp khác có đỉnh mắc vào các tháng mùa đông, nhiễm trùng C.pneumoniae không khác biệt theo mùa.

- Legionella chiếm khoảng 1-10% các căn nguyên gây VPMPCĐ. Nhiễm trùng Legionella thường xảy ra do tiếp xúc với các dụng cụ chứa các giọt nhỏ mang vi khuẩn như vòi hoa sen, máy phun sương, tháp giải nhiệt của hệ thống điều hoà, vùng xoáy nước, vòi phun [18].

- Trực khuẩn Gram âm, đặc biệt là K.pneumoniae, E.coli, Enterobacter spp., Serratia spp., Proteus spp., P.aeruginosae và Acinetobacter spp. là các căn nguyên gây VPMPCĐ hiếm gặp ngoại trừ ở nhóm bệnh nhân viêm phổi nặng cần nhập viện điều trị tại khoa Điều trị tích cực (ICU). K.pneumoniae chiếm khoảng 6% căn nguyên VPMPCĐ tại các nước châu Á nhưng hiếm gặp hơn ở các khu vực khác [19]. Chỉ nên nghĩ đến căn nguyên K.pneumoniae ở bệnh nhân VPMPCĐ có kèm các bệnh lý nền như COPD, đái tháo đường và nghiện rượu [20]. Yếu tố nguy cơ VPMPCĐ do P.aeruginosae bao gồm tình trạng giãn phế quản và sử dụng kháng sinh nhiều lần hoặc sử dụng glucocorticoids kéo dài ở những bệnh nhân có cấu trúc phổi bất thường khác như COPD, xơ phổi, tình trạng suy giảm miễn dịch như giảm bạch cầu, nhiễm trùng HIV, ghép tạng và cấy ghép tế bào gốc [9, 21].

- M.catarrhalis gây viêm đường hô hấp dưới ở những bệnh nhân người lớn có COPD và ở những bệnh nhân suy giảm miễn dịch. Nhiều bệnh nhân nhiễm M. catarrhalis bị suy dinh dưỡng. M.catarrhalis thường gặp là đồng tác nhân gây viêm phổi [22].

- S.aureus chiếm khoảng 3% trong số các căn nguyên gây VPMPCĐ ở bệnh nhân nội trú với tỷ lệ mắc khác nhau ở các quốc gia và các lục địa khác nhau [23]. Trong đó, MRSA chiếm đến 51%. VPMPCĐ do S.aureus thường gặp ở người già, những bệnh nhân sau nhiễm cúm và thường có biểu hiện viêm phổi hoại tử nặng. Một số nghiên cứu cho thấy xu hướng dẫn đến viêm phổi hoại tử do S.aureus có thể liên quan đến độc tố PVL (Panton Valentine leucocidin) là một độc tố gây phá huỷ tế bào bạch cầu và hoại tử mô. Sự có mặt của gen mã hoá cho độc tố PVL là một đặc điểm đặc trưng của các chủng MRSA mắc phải tại cộng đồng [24, 25].

- Các vi khuẩn khác:

+ S.pyogenes có thể gây viêm phổi kịch phát hoá mủ sớm ở bệnh nhân trẻ, miễn dịch bình thường [26].

+ Vi khuẩn kị khí gây viêm phổi có thể do hít phải và thường liên quan đến các nhiễm trùng hoại tử đa căn nguyên. Nên nghĩ đến các căn nguyên kị khí khi thấy đờm có mùi thối hoặc dịch mủ thối, nhiễm trùng có liên quan đến hít phải hoặc nhiễm trùng hoại tử. Hầu hết các nhiễm trùng đều do đa căn nguyên trong đó chủ yếu là các vi khuẩn kị khí như Bacteroides melanigenicus, Fusobacterium spp., Peptostreptococcus spp.) và/hoặc Streptococcus ở miệng (Streptococcus milleri) [27].

+ Neisseria meningitidis là căn nguyên gây VPMPCĐ không phổ biến. Viêm phổi do N. nemingitidis không có đặc điểm lâm sàng khác biệt nhưng cần báo cáo và được dự phòng nhiễm trùng huyết hoặc viêm màng não.

+ Burkholderia pseudomallei là một căn nguyên VPMPCĐ quan trọng ở các nước thuộc vùng dịch tễ như Đông Nam Á và bắc Úc. Vi khuẩn có mặt phổ biến

trong đất và nước bề mặt ở các vùng dịch tễ lưu hành cho nên các nước trong khu vực dịch tễ cần đặc biệt lưu ý đến căn nguyên B.pseudomallei [28].

2.2.2. Căn nguyên virus

Tỷ lệ các căn nguyên virus được báo cáo ở các nghiên cứu khác nhau rất khác nhau, phụ thuộc vào kỹ thuật chẩn đoán được sử dụng. Các nghiên cứu sử dụng kỹ thuật PCR, đặc biệt là multiplex PCR có thể đưa ra tỷ lệ virus gây VPMPCĐ cao hơn so với thực tế vì các virus hô hấp có thể có mặt ở đường hô hấp trên nhưng không gây bệnh. Tăm bông ngoáy dịch tị hầu của người khoẻ mạnh cho kết quả 20-30% dương tính với các virus đường hô hấp khi sử dụng kỹ thuật PCR [29].

Influenza virus, RSV, Parainfluenza virus và Adenovirus vẫn là các căn nguyên virus phổ biến nhất gây VPMPCĐ ở người lớn. Các virus khác có thể gặp như Rhinovirus, Coronavirus và Methapneumovirus người (hMPV). Nghiên cứu sử dụng kỹ thuật multiplex PCR phát hiện thấy 30/32 bệnh nhân có Rhinovirus hoặc Coronavirus cùng với tác nhân khác đồng thời cũng được phát hiện. Hai loại virus này có thể không phải là tác nhân gây viêm phổi nhưng nó gây tổn thương hàng rào bảo vệ của đường hô hấp trên nên các tác nhân khác có điều kiện để xâm nhập và gây bệnh cho đường hô hấp dưới [30]. Tuy nhiên, một số nghiên cứu khác lại cho rằng Rhinovirus thực sự là căn nguyên gây VPMPCĐ ở người lớn vì tỷ lệ phát hiện được virus này ở nhóm bệnh nhân VPMPCĐ cao hơn có ý nghĩa thống kê so với nhóm không triệu chứng [31]. Mặc dù các virus hô hấp được tìm thấy phổ biến ở trong dịch tỵ hầu của bệnh nhân VPMPCĐ nhưng vai trò gây bệnh riêng thực sự của virus cũng chưa thực sự rõ ràng. Sự có mặt của các virus này có thể tạo cơ hội cho các nhiễm trùng do căn nguyên khác, cũng có thể là căn nguyên gây viêm đường hô hấp dưới hoặc chỉ là sự cư trú. VPMPCĐ do virus có đồng nhiễm vi khuẩn chiếm khoảng 20-40% và thường nặng hơn, phải nằm viện lâu hơn những ca bệnh chỉ do vi khuẩn [32, 33].

- Influenza A virus và Influenza B virus có thể gây viêm phổi cấp tính và gây dịch trên toàn thế giới, chủ yếu trong mùa đông. Các virus cúm gia cầm như H5N1 và H7N9 Avian Influenza là các tác nhân mới nổi gây bệnh cho người. Các virus cúm thường gây nhiễm trùng đường hô hấp trên nhưng có thể gây viêm phổi tiên phát và có thể đưa đến viêm phổi thứ phát do vi khuẩn. Viêm phổi tiên phát do virus cúm do virus trực tiếp gây nhiễm trùng tại phổi và bệnh cảnh lâm sàng rất nặng, thường gặp ở nhóm bệnh nhân có các bệnh lý nền mạn tính (hen, COPD, tim bẩm sinh, bệnh lý mạch vành, đái tháo đường…). Các bệnh nhân nhiễm trùng virus cúm nặng thường bội nhiễm vi khuẩn, hay gặp nhất là viêm phổi do S.pneumoniae, S.aureus và S.pyogenes.

- Parainfluenza virus là tác nhân quan trọng ở bệnh nhân suy giảm miễn dịch, có thể gây ra các nhiễm trùng đường hô hấp dưới nguy hiểm, đe doạ đến tính mạng.

- RSV có thể gây ra các bệnh lý đường hô hấp cấp tính mọi lứa tuổi nhưng đặc biệt gây VPMPCĐ nặng ở người già và những người suy giảm miễn dịch (người cấy ghép tuỷ…)

- HMPV có thể gây nhiễm trùng hô hấp trên và hô hấp dưới ở mọi lứa tuổi nhưng biểu hiện triệu chứng lâm sàng thường gặp ở trẻ em hoặc người già. Đây là một căn nguyên mới nổi gây VPMPCĐ ở người lớn.

- MERS-CoV là một Coronavirus mới nổi gây nhiễm trùng hô hập nặng ở Saudi Arabia năm 2012. Hầu hết các MERS-CoV có đặc tính lây truyền trực tiếp từ người sang người rất hạn chế nhưng cũng có hiện tượng siêu lây truyền được ghi nhận trong vụ dịch MERS ở Hàn Quốc năm 2015. Tháng 12 năm 2019, Coronavirus mới có tên gọi SARS-CoV-2 lần đầu tiên xuất hiện tại Vũ Hán, Trung Quốc. Với khả năng lây nhiễm cao, thời gian ủ bệnh kéo dài, SARS-CoV-2 đã gây đại dịch trên toàn thế giới, gây ảnh hưởng nặng nề về y tế và kinh tế của các quốc gia trên toàn thế giới [34]. (Tham khảo chi tiết tại “Hướng dẫn chẩn đoán và điều trị viêm đường hô hấp cấp do SARS-CoV-2 (COVID-19)” của Bộ Y tế).

- Rhinovirus là một trong số các tác nhân phổ biến gây nhiễm trùng hô hấp (35- 50%). Ngày càng có nhiều bằng chứng nghiên cứu cho thấy vai trò gây VPMPCĐ của virus này [31, 35].

- Các virus khác cũng có thể gặp như các Coronavirus khác (HcoV), Hantavirus, Varicella-zoster virus.

2.2.3. Căn nguyên nấm

Nấm rất hiếm khi gây VPMPCĐ ở những người có hệ miễn dịch bình thường nhưng có một số loài nấm như Histoplasma capsulatum, Coccidioides spp, Blastomyces dermatitidis) có thể gây viêm phổi cho cả bệnh nhân suy giảm miễn dịch và cả người có hệ miễn dịch bình thường sống hoặc đến các khu vực dịch tễ của các loài nấm đó [36]. (Tham khảo tài liệu “Hướng dẫn chẩn đoán nhiễm nấm xâm lấn”).

2.2.4. Tình hình kháng thuốc của một số vi khuẩn gây VPMPCĐ

Trong các tác nhân gây VPMPCĐ, có khoảng 6% là các vi khuẩn đa kháng thuốc. Vi khuẩn đa kháng thuốc thường gặp nhất là S.aureus và P.aeruginosae.

Nghiên cứu gần đây của châu Âu cho thấy có đến 3,3 – 7,6% căn nguyên đa kháng phân lập được từ các ca VPMPCĐ, trong đó phổ biến nhất là MRSA. Vì khuyến cáo hiện nay điều trị VPMPCĐ theo kinh nghiệm là sử dụng ß-lactam cùng nhóm thuốc macrolide hoặc quinolone nhưng với MRSA thì không phù hợp nên các chẩn đoán vi sinh về căn nguyên gây bệnh là rất quan trọng cho việc chọn lựa kháng sinh phù hợp [37].

P.aeruginosae không phải căn nguyên gây VPMPCĐ thường gặp nhưng ở những bệnh nhân VPMPCĐ phải điều trị tại các khoa hồi sức tích cực thì P.aeruginosae chiếm 1,8 - 8,3% và tỷ lệ gây tử vong là 50 - 100%. Sử dụng kháng sinh từ trước được cho là yếu tố nguy cơ đưa đến VPMPCĐ do P.aeruginosae đa kháng thuốc [38].

Khi vắc xin phòng S.pneumoniae được đưa vào sử dụng dẫn đến sự lưu hành của các serotype thay đổi. Các serotype có vắc xin dự phòng giảm đi nhưng các serotype trước kia hiếm gặp lại trở nên phổ biến. Cùng với sự thay đổi này là sự gia tăng đề kháng của S.pneumoniae với một số nhóm kháng sinh như cephalosporin, macrolide và fluoroquinolone trên toàn thế giới trong hai thập kỷ gần đây [6]. Tỷ lệ kháng macrolide khoảng 20 – 40% nhưng sự đề kháng này ít gây ảnh hưởng đến kết quả điều trị vì macrolide đơn trị liệu thường không được khuyến cáo [5]. Tỷ lệ S.pneumoniae đề kháng fluoroquinolone được báo cáo ở châu Âu (5,2%) cao hơn ở Mỹ (1,2%) và ở châu Á (2,4%). Đề kháng flouroquinolone hiếm gặp ở các chủng gây bệnh cho trẻ em nhưng cao hơn ở người lớn, đặc biệt cao ở người già trên 64 tuổi có kèm các bệnh lý phổi tắc nghẽn [6]. Trong nghiên cứu đa trung tâm SOAR cho thấy S.pneumoniae còn nhạy cảm cao (>70%) với penicillin tiêm [39-42]. Hiện nay, 20-30% các chủng S.pneumoniae đa kháng thuốc, đặc biệt tăng nhanh ở các serotype không có vắc xin. Trong số các serotype đa kháng, hay gặp nhất là serotype 19A và mới nổi lên một số serotype khác nữa là 6B, 6C, 14, 15B/C, 19F và 23A [43, 44].

2.2.5. Căn nguyên gây VPMPCĐ ở Việt Nam

Nghiên cứu tại bệnh viện Khánh Hoà trên 154 bệnh nhân VPMPCĐ phải nhập viện bằng phương pháp nuôi cấy cho thấy các căn nguyên vi khuẩn thường gặp nhất là H.influenzae, S.pneumoniae, M.catarrhalis, P.aeruginosae, S.aureus và K.pneumoniae. Bằng phương pháp PCR cho kết quả không như nuôi cấy, trong đó chủ yếu phát hiện được H.influenzae và S.pneumoniae. Các căn nguyên virus phát hiện được bao gồm influenza A virus, Influenza B virus, Rhinovirus, Adenovirus và RSV [45].

Nghiên cứu tiến hành ở 142 bệnh nhân VPMPCĐ được điều trị tại bệnh viện Nhiệt đới trung ương, bệnh viện đa khoa Đống Đa và bệnh viện Đức Giang lại thấy M.pneumoniae (16,2%), K.pneumoniae (14,8%), C.pneumoniae (10,6%) và S.pneumoniae (9.9%) và các căn nguyên chiếm tỷ lệ cao nhất [46].

Một nghiên cứu đa trung tâm thu thập từ 11 bệnh viện lớn trên phạm vi toàn quốc tiến hành thu thập chủng 289 chủng S.pneumoniae và chủng 195 H.influenzae trong vòng 3 năm từ 2009-2011, trong đó khoảng 60% chủng được thu thập từ bệnh nhân nhi. Các chủng S.pneumoniae còn nhạy cảm cao với penicillin tiêm (86,9%) nhưng đã đề kháng cao với nhóm macrolide (>90%) và trên 95% các chủng H.influenzae còn nhạy cảm với amoxicillin/clavulanic acid khi sử dụng tiêu chuẩn phiên giải CLSI của Mỹ nhưng nếu sử dụng tiêu chuẩn phiên giải EUCAST của châu Âu thì tỷ lệ nhạy cảm với kháng sinh tương ứng của các chủng vi khuẩn này thấp hơn [42].

Các nghiên cứu được thực hiện chủ yếu dựa trên bằng chứng nuôi cấy nên chỉ phát hiện được các tác nhân có thể nuôi cấy được. Có một nghiên cứu gần đây sử dụng kỹ thuật nuôi cấy và real-time PCR phát hiện tác nhân gây VPMPCĐ ở những bệnh nhân điều trị ngoại trú tại 4 bệnh viện ở thành phố Hồ Chí Minh. Kết quả cho thấy H.influenzae (63,1%) và S.pneumoniae (25,5%) vẫn là những căn nguyên hàng đầu phân lập được nhưng với thử nghiệm real-time PCR lại phát hiện được S.pneumoniae chiếm tỷ lệ cao nhất (71,3%) và 21,7% là các tác nhân virus như Rhinovirus, Influenza virus và Parainfluenza virus. Những trường hợp VPMPCĐ trong nghiên cứu này thấy một tỷ lệ rất lớn các trường hợp nhiễm đa tác nhân (76,4%) [47].

Căn nguyên vi khuẩn không điển hình gây VPMPCĐ đã được phát hiện ở 215/722 (29,78%) bệnh nhi điều trị tại bệnh viện Nhi trung ương. Trong đó, chủ yếu là M.pneumoniae (81,4%) [48].

Các nghiên cứu về căn nguyên VPMPCĐ cũng như mức độ nhạy cảm với kháng sinh được công bố hầu như là các nghiên cứu thu thập từ các bệnh nhân VPMPCĐ nhưng được đến khám và điều trị tại các bệnh việnTrung ương hoặc tuyến tỉnh lớn và số lượng chủng thu thập được trong các nghiên cứu không đủ lớn để đại diện cho quần thể căn nguyên gây VPMPCĐ nên thực sự chưa hẳn đã phản ánh đúng về thực trạng của căn nguyên gây VPMPC. Hơn nữa, các kết quả về mức độ nhạy cảm với kháng sinh phụ thuộc nhiều vào phương pháp làm kháng sinh đồ cũng như tiêu chuẩn lựa chọn để phiên giải kết quả nên cũng có sự khác biệt không nhỏ giữa các nghiên cứu. Do vậy, rất cần có các nghiên cứu được thiết kế chặt chẽ cũng như thống nhất về phương pháp để có được hình ảnh căn nguyên VPMPCĐ chính xác hơn.

2.3. Các phương pháp vi sinh chẩn đoán VPMPCĐ

Mặc dù có sự đồng thuận cao về lý thuyết là điều trị sẽ tốt nhất khi xác định được căn nguyên gây bệnh nhưng về thực hành còn nhiều tranh cãi về giá trị của các xét nghiệm chẩn đoán căn nguyên VPMPCĐ do độ nhạy của các xét nghiệm, tỷ lệ lợi ích/chi phí xét nghiệm thấp [49]. Vì vậy, trong khuyến cáo của Hội Truyền nhiễm và Hội Lồng ngực Mỹ thống nhất không xét nghiệm vi sinh thường qui cho chẩn đoán VPMPCĐ mà chỉ sử dụng chẩn đoán cho những bệnh nhân VPMPCĐ phải nhập viện và cho những bệnh nhân ngoại trú mà kết quả chẩn đoán có thay đổi phác đồ điều trị [21, 50].

2.3.1. Chọn lựa xét nghiệm dựa trên đặc điểm bệnh nhân

- Với các bệnh nhân VPMPCĐ ngoại trú, không khuyến cáo nhuộm Gram đờm, cấy đờm và cấy máu để phục vụ chẩn đoán.

- Với những bệnh nhân VPMPCĐ phải nằm điều trị nội trú, nên lấy đờm nhuộm Gram và cấy, cấy máu trước khi bắt đầu liệu pháp điều trị khi (i) bệnh nhân được phân loại là VPMPCĐ nặng, đặc biệt là khi bệnh nhân có đặt nội khí quản hoặc (ii) khi bệnh nhân được điều trị theo kinh nghiệm theo hướng MRSA hoặc P.aeruginosae hoặc (iii) bệnh nhân trước đó đã nhiễm trùng MRSA hoặc P.aeruginosae, đặc biệt là những trường hợp đã nhiễm trùng hô hấp với các căn nguyên này trước đó; hoặc (iv) bệnh nhân đã nằm viện và dùng kháng sinh đường tiêm có thể trong giai đoạn nằm viện hoặc không trong vòng 90 ngày gần đây.

- Trong những trường hợp bệnh nhân VPMPCĐ có yếu tố dịch tễ nghi ngờ nhiễm trùng Legionella như liên quan đến vụ dịch Legionella hoặc mới đi du lịch hoặc ở những bệnh nhân VPMPCĐ nặng nên làm thử nghiệm tìm kháng nguyên Legionella trong nước tiểu và cấy hoặc làm xét nghiệm sinh học phân tử tìm Legionella từ các bệnh phẩm dịch tiết đường hô hấp.

- Ở những cộng đồng có Influenza virus lưu hành, nên thực hiện xét nghiệm sinh học phân tử phát hiện nhanh Influenza virus hơn là dùng các xét nghiệm test nhanh phát hiện kháng nguyên Influenza virus.

2.3.2. Các kỹ thuật xét nghiệm

Cấy máu lý tưởng nhất là lấy được máu trước khi bệnh nhân dùng kháng sinh. Nếu bệnh nhân đã dùng kháng sinh, nên lấy ngay trước khi dùng liều kháng sinh tiếp theo. Thời điểm tốt nhất để lấy máu là khi bệnh nhân có cơn gai rét hoặc ở đỉnh sốt. Cấy máu nên cấy 2 chai mỗi lần (một chai hiếu khí, một chai kị khí), mỗi chai cấy 8-10 ml máu với người lớn, thể tích máu lấy ở trẻ em tuỳ theo cân nặng [51].

Bệnh phẩm đờm có thể chỉ định nhuộm Gram và nuôi cấy nhưng tỷ lệ phát hiện được căn nguyên gây bệnh (10-86%) rất khác nhau ở các nghiên cứu khác nhau [50]. Phải lấy được tối thiểu 1-2 ml đờm có nhày hoặc nhày máu, tốt nhất là lấy vào buổi sáng sớm. Bệnh phẩm đờm đạt chất lượng cho nuôi cấy khi không hoặc ít tạp nhiễm vi hệ họng miệng (đánh giá dựa trên tiêu chuẩn đờm soi có ít hơn 10 tế bào biểu mô/1 vi trường hoặc có trên 25 tế bào bạch cầu đa nhân/1 vi trường). Các bệnh phẩm sau khi lấy phải được vận chuyển đến phòng xét nghiệm càng sớm càng tốt, không muộn hơn 2 tiếng [51]. Độ nhạy của nhuộm Gram khác nhau tuỳ thuộc căn nguyên vi khuẩn và các nghiên cứu (15-100%). Kết quả nuôi cấy đờm được phiên giải dựa trên mức độ vi khuẩn mọc (ít, trung bình, nhiều, rất nhiều tương ứng với giá trị cấy bán định lượng 1+, 2+, 3+ và 4+), sự phù hợp với lâm sàng và mối liên quan với kết quả nhuộm Gram. Những vi khuẩn được coi là căn nguyên gây bệnh thường có mặt ở mức trung bình hoặc nhiều trên đĩa nuôi cấy và trên tiêu bản nhuộm Gram. Tuy nhiên, Legionella spp., B.anthracis, B.pseudomallei, M.pneumoniae, C.pneumoniae và C.psittaci cho dù số lượng bao nhiêu cũng là căn nguyên gây bệnh vì không bao giờ có sự cư trú trên đường hô hấp của các căn nguyên này [50].

Xét nghiệm kháng nguyên trong nước tiểu là phương pháp chẩn đoán bổ sung hoặc thay thế để phát hiện S.pneumoniae và Legionella. So với nuôi cấy, xét nghiệm kháng nguyên nhạy và đặc hiệu hơn, có thể áp dụng cho những bệnh nhân không thể ho khạc đờm được, cho kết quả nhanh và không bị ảnh hưởng khi đã điều trị kháng sinh. Tuy nhiên, xét nghiệm kháng nguyên chẩn đoán S.pneumoniae có độ nhạy và đặc hiệu có thể thấp hơn ở những bệnh nhân không kèm nhiễm trùng huyết. Vì chỉ phát hiện kháng nguyên mà không phân lập vi khuẩn nên không làm được kháng sinh đồ. Xét nghiệm phát hiện kháng nguyên của Legionella chỉ chẩn đoán được cho Legionella serotype 1 là serotype chiếm đến 80% các bệnh Legionnaires ở cộng đồng nhưng nhiễm trùng bệnh viện lại thường do serotype khác [52].

Các tác nhân virus và vi khuẩn không điển hình có thể được chẩn đoán bằng nuôi cấy, test nhanh phát hiện kháng nguyên, phát hiện kháng thể đặc hiệu hoặc bằng kỹ thuật sinh học phân tử. Bệnh phẩm xét nghiệm cho virus thường dùng là dịch tỵ hầu lấy bằng tăm bông mềm hoặc dịch ngoáy họng lấy bằng tăm bông cứng. Nếu cho xét nghiệm test nhanh ngay có thể dùng trực tiếp tăm bông lấy bệnh phẩm. Nếu làm xét nghiệm nuôi cấy hoặc sinh học phân tử, tăm bông lấy bệnh phẩm cần được bảo quản trong môi trường vận chuyển cho virus.

Xét nghiệm sinh học phân tử nhanh, nhạy, đặc hiệu hơn nuôi cấy đặc biệt là ở những bệnh nhân đã điều trị kháng sinh nhưng lại hạn chế rất nhiều khi áp dụng bệnh phẩm không vô trùng như bệnh phẩm đường hô hấp vì loại bệnh phẩm này thường bị tạp nhiễm các vi khuẩn vi hệ đường hô hấp trên. Mặc dù có thể cung cấp cả các thông tin về gen kháng thuốc nhưng không các thông tin này cũng không đầy đủ hết, nhất là ở các vi khuẩn Gram âm [49]. PCR phát hiện đơn tác nhân hoặc PCR phát hiện đồng thời nhiều căn nguyên gây VPMPCĐ bao gồm cả virus và vi khuẩn đã được sử dụng rộng rãi. Nên sử dụng PCR định tính hoặc bán định lượng và kết quả xét nghiệm nên được cân nhắc là vi hệ đường hô hấp hay căn nguyên gây bệnh thực sự. Một số xét nghiệm sinh học phân tử mới hơn có thể phát hiện được đồng thời vài chục tác nhân VPMPCĐ cũng đã được phê duyệt cho chẩn đoán.

Mỗi phương pháp xét nghiệm đều có ưu, nhược điểm riêng. Kết hợp nhiều phương pháp chẩn đoán sẽ giúp định danh được tác nhân gây bệnh nhanh hơn, chính xác hơn và hỗ trợ hiệu quả hơn cho điều trị VPMPCĐ. Sự phát triển và ứng dụng ngày càng nhiều phương pháp sinh học phân tử trong chẩn đoán VPMPCĐ trở thành xu thế mới và đã giúp cải thiện chẩn đoán tác nhân gây bệnh rất nhiều. Tuy nhiên, khái niệm phổi hoàn toàn vô trùng đã thay đổi kể từ khi những có những hiểu biết mới về vi hệ trong phổi. Vi hệ phổi có chứa cả nhiều vi khuẩn được coi là gây VPMPCĐ phổ biến như S.pneumoniae và Mycoplasma spp. [5] và VPMPCĐ có thể xảy ra khi mất cân bằng vi hệ của phổi là những thách thức rất lớn cho thực hành chẩn đoán vi sinh và cho vấn đề điều trị.

Khi đã nuôi cấy và xác định được tác nhân vi khuẩn gây VPMPCĐ, kháng sinh đồ là xét nghiệm cần thiết để xác định mức độ nhạy cảm với kháng sinh của vi khuẩn gây bệnh, đặc biệt cho những trường hợp VPMPCĐ nặng phải nhập viện hoặc ở những bệnh nhân phải nằm tại khoa hồi sức tích cực. Có hai phương pháp kháng sinh đồ phổ biến là kháng sinh đồ định tính và kháng sinh đồ định lượng. Kháng sinh đồ định tính cho biết chủng vi khuẩn nhạy cảm (S), đề kháng (R) hay đề kháng trung gian (I) với một kháng sinh nào đó. Kháng sinh đồ định lượng ngoài cho biết mức độ nhạy cảm, đề kháng hay đề kháng trung gian, còn cho biết giá trị nồng độ ức chế tối thiểu của kháng sinh (MIC). Kháng sinh đồ định lượng đặc biệt có giá trị trong những trường hợp cần hiệu chỉnh liều cho bệnh nhân hay là cá thể hoá điều trị và những trường hợp kháng sinh có liều độc và liều điều trị gần nhau. Có những vấn đề liên quan đến kháng sinh đồ mà các bác sĩ lâm sàng cũng cần biết đó là kết quả kháng sinh đồ bị ảnh hưởng bởi rất nhiều yếu tố như sự chính xác của kết quả định danh vi khuẩn, chất lượng của xét nghiệm kháng sinh đồ và tiêu chuẩn lựa chọn để phiên giải kết quả. Hiện nay, có hai hệ thống phiên giải kháng sinh đồ phổ biến trên thế giới là hệ thống phiên giải của Mỹ (CLSI- Clinical Laboratory Standard Institute) và của châu âu (EUCAST-European Committee on Antimicrobial Sucseptibility Testing) được cập nhật hàng năm. Hai hệ thống hướng dẫn phiên giải kết quả kháng sinh đồ không hoàn toàn trùng khít nhau, vẫn có những khác biệt do tiêu chuẩn phiên giải của mỗi hệ thống được xây dựng dựa trên các nghiên cứu thực nghiệm. Mỗi hệ thống phiên giải đều có ưu, nhược điểm riêng. Các phòng xét nghiệm vi sinh lâm sàng ở Việt Nam hiện nay hầu hết đều lựa chọn hướng dẫn CLSI để phiên giải kết quả. Do vậy, khi tham khảo các nghiên cứu khác nhau về mức độ nhạy cảm với kháng sinh, các bác sĩ lâm sàng cũng nên biết kỹ thuật kháng sinh đồ nào được thực hiện và tiêu chuẩn phiên giải nào được sử dụng để có được nhận định chính xác về các kết quả nghiên cứu.

2.4. Chẩn đoán tác nhân gây bệnh dựa trên kinh nghiệm

Khi xét nghiệm vi sinh không được thực hiện vì không cần thiết/không khả thi hoặc

khi xét nghiệm vi sinh đã được thực hiện nhưng kết quả chưa có hoặc âm tính, việc chẩn đoán tác nhân gây bệnh hoàn toàn phải dựa trên kinh nghiệm (Kết quả nghiên cứu dịch tễ về chủng loại vi khuẩn thường gây viêm phổi trong những bối cảnh lâm sàng riêng biệt).

Chẩn đoán tác nhân vi khuẩn gây viêm phổi theo kinh nghiệm căn cứ vào: (1) mức độ nặng viêm phổi: điều trị ngoại trú, điều trị nội trú tại khoa hô hấp, điều trị nội trú tại khoa Điều trị tích cực; (2) cơ địa bệnh nhân bao gồm tuổi, thói quen sinh hoạt, bệnh đồng mắc (tại phổi và toàn thân).

Bảng 2.1. Tác nhân thường gặp gây VPMPCĐ

Khi đánh giá trên từng trường hợp cụ thể, cân nhắc toàn bộ các yếu tố vừa kể trên có thể giúp chẩn đoán tác nhân vi khuẩn. Tập hợp các yếu tố giúp tiên đoán một tác nhân vi khuẩn nào đó được gọi là các yếu tố nguy cơ để nhiễm vi khuẩn đó. (Bảng 2.2)

Bảng 2.2. Yếu tố nguy cơ nhiễm các tác nhân viêm phổi

2.5. Tóm tắt về tác nhân VPMPCĐ và các phương pháp chẩn đoán vi sinh [53] Bảng 2.3. Tóm tắt về tác nhân VPMPCĐ và các phương pháp chẩn đoán vi sinh

Những điểm cần nhớ

- Vi khuẩn gây viêm phổi thường gặp là: Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Staphylococcus aureus, Mycoplasma pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Legionella spp., Chlamydophila và Moraxella catarrhalis.

- Virus gây viêm phổi thường gặp là Influenza A virus, Influenza B virus, RSV, Adenovirus và các Coronavirus

- Không khuyến cáo nhuộm Gram đờm và cấy đờm, cấy máu cho bệnh nhân ngoại trú.

- Bệnh nhân VPMPCĐ nội trú cần lấy đờm nhuộm Gram và cấy, cấy máu trước khi dùng kháng sinh

- Cấy máu tốt nhất trước khi dùng kháng sinh, khi có bệnh nhân có cơn gai rét hoặc ≥38,5oC. Mỗi lần cấy 2 chai, 8-10ml máu/chai ở người lớn.

- Bệnh phầm đờm: lấy tối thiểu 1-2ml có nhày hoặc nhày máu, sau khi lấy cần vận chuyển đến phòng xét nghiệm trong vòng 2 tiếng. Kết quả nuôi cấy đờm được phiên giải dựa trên mức độ vi khuẩn mọc (1+, 2+, 3+, 4+), sự phù hợp lâm sàng và mối liên quan với nhuộm Gram.

- Các tác nhân virus và vi khuẩn không điển hình có thể được chẩn đoán bằng nuôi cấy, test nhanh phát hiện kháng nguyên, phát hiện kháng thể đặc hiệu hoặc bằng kỹ thuật sinh học phân tử.

- Kháng sinh đồ định tính cho biết chủng vi khuẩn nhạy cảm (S), đề kháng (R) hay đề kháng trung gian (I) với một kháng sinh nào đó. Kháng sinh đồ định lượng ngoài cho biết mức độ nhạy cảm, đề kháng hay đề kháng trung gian, còn cho biết giá trị nồng độ ức chế tối thiểu của kháng sinh (MIC), có thể giúp hiệu chỉnh liều kháng sinh.

- Khi không có kết quả vi sinh hoặc kết quả âm tính, chẩn đoán vi sinh dựa trên kinh nghiệm: nghiên cứu dịch tễ học, mức độ nặng viêm phổi, cơ địa bệnh nhân bao gồm tuổi, thói quen sinh hoạt, bệnh đồng mắc (tại phổi và toàn thân).

Tải về tài liệu chính .....(xem tiếp)