Ngoại trừ thiết kế bắt cặp từng cặp, các công thức tính cỡ mẫu trên không tính đến nhiễu. Các phương pháp ước lượng cỡ mẫu có tính đến phân tầng và các hình thức kiểm soát nhiễu khác đã được mô tả. Ví dụ, xem Gail (1973), Muñoz và Rosner (1984), Wilson và Gordon (1986), Woolson et al. (1986), Self và Mauritsen (1988), Lubin và Gail (1990), và Self et al. (1992). EGRET SIZ (1997) là một phần mềm thực hiện các tính toán cỡ mẫu tiệm cận với điều chỉnh cho các yếu tố gây nhiễu.

Ví dụ 14.6 (Estrogen – Ung thư Nội mạc Tử cung) Xem xét nghiên cứu bắt cặp từng cặp của Ví dụ 11.3. Giả sử ở giai đoạn lập kế hoạch, người ta muốn phát hiện giá trị OR ít nhất là 3. Với α = 0,05 và β = 0,20:

r = [1,96(3 + 1) + 2(0,842)√3]² / (3 − 1)² = 29

Số cặp bất đồng thực tế là 50. Dựa trên dữ liệu trong Bảng 11.10, φ₂^* = 19/183 = 0,104 và ϑ = 4,82. Giả sử vì mục đích minh họa rằng φ₂ = 0,05. Từ các công thức trên, φ₀ = 0,173 và φ = 0,129. Vậy tổng số cặp bắt cặp cần cho nghiên cứu sẽ là J₁ = 29/0,129 = 224. Số cặp bắt cặp thực tế là 183.