Đau cổ thứ phát là tình trạng đau vùng cổ do các bệnh lý ở các bộ phận khác gây ra, thường thông qua cơ chế đau quy chiếu. Trong các trường hợp này, bệnh nhân thường có các triệu chứng phối hợp khác gợi ý bệnh lý nguyên phát. Do đó, việc tiếp cận chẩn đoán cần kết hợp các thông tin lâm sàng toàn diện. Một số bệnh lý có thể gây đau cổ thứ phát bao gồm:
o    Ung thư vùng cổ: xâm lấn hoặc tổn thương tại chỗ
o    Bệnh lý mạch máu vùng cổ: ví dụ bóc tách động mạch cảnh, động mạch đốt sống
o    Bệnh mạch vành tại tim có thể gây biểu hiện đau quy chiếu vùng cổ
o    Các bệnh lý của vùng cổ trước: tuyến giáp, khí quản, thực quản, họng, hạch bạch huyết, v.v. 
o    Bệnh lý vùng vai: hội chứng chóp xoay, viêm cơ, viêm gân bám, viêm bao hoạt dịch
o    Bệnh lý thần kinh: đau đầu (ví dụ: migraine), viêm dây thần kinh đơn độc hoặc đa dây (do ngộ độc, tự miễn, đái tháo đường), các bệnh lý gây teo cơ loạn dưỡng.
o    Bệnh lý khớp tự miễn hoặc phản ứng
Các vấn đề tâm lý - xã hội được xem là yếu tố nguy cơ góp phần gây đau cổ mạn tính và tàn tật, do đó được xếp vào nhóm dấu hiệu cờ vàng (yellow flags). Mặc dù ít nghiêm trọng hơn cờ đỏ (red flags), chúng cần được chú ý khai thác kỹ lưỡng. Các vấn đề này bao gồm thái độ tiêu cực về tình trạng đau, các khó khăn xã hội, tài chính và mức độ giới hạn hoạt động. Mặc dù vai trò của khía cạnh tâm lý – xã hội chưa được nghiên cứu đầy đủ trong các thử nghiệm ngẫu nhiên lớn đối với đau cổ, việc nhận diện và can thiệp kịp thời các dấu hiệu này có thể giúp giảm thiểu nguy cơ đau cổ cấp tính tiến triển thành bán cấp và mạn tính. Kết quả tương tự đã được chứng minh đối với đau thắt lưng, điển hình là công cụ sàng lọc Keele STarT Back Screening Tool (SBST). SBST đã được công nhận là một công cụ hữu hiệu để dự báo tiên lượng hồi phục của bệnh nhân, từ đó định hướng các biện pháp phòng ngừa thứ phát tại các cơ sở chăm sóc ban đầu[9].