Hiện đã có vaccin phòng ngừa một số chủng HPV gây nguy cơ ung thư. Hiệu lực và mức độ an toàn của HPV đã được chứng minh. Do vậy có thể phòng ngừa hiệu quả các chủng HPV này bằng việc sử dụng vaccin phù hợp đối với những trường hợp chưa nhiễm HPV và có chỉ định phù hợp.  
Để phòng tránh các hậu quả do HPV gây ra, chúng ta có thể khuyên bệnh nhân đến khám khi phát hiện sang thương da (mụn cóc, chồi sùi, mào gà vùng cơ quan sinh dục..), tầm soát bằng phết tế bào cổ tử cung để nhận biết ung thư giai đoạn sớm.