Nhiễm HPV có thể dẫn đến những tổn thương tiền ung thư, dị sản và gây ung thư cổ tử cung, âm hộ, âm đạo, hậu môn. Trong số 40 genotype HPV gây bệnh đường sinh dục, không phải tất cả đều có nguy cơ gây bệnh ung thư. Chỉ có 8 chủng (16,18,45,31,33,52,58 và 35) được xem là có liên quan đến 95% trường hợp ung thư cổ tử cung.
Chủng HPV (16, 18) được xem là quan trọng nhất vì nó liên quan đến 70% trường hợp ung thư cổ tử cung. 
Hai chủng có nguy cơ thấp (6, 11) được xem là nguyên nhân gây ra 90% trường hợp tăng sinh lành tính ở đường hậu môn sinh dục. Tuy vậy các san thương này hiếm khi diễn tiến đến ung thư.