Điều trị rối loạn nuốt phụ thuộc vào nguyên nhân cụ thể:
-    Lão hóa chức năng nuốt (Presbyphagia): 
o    Điều chỉnh chế độ ăn (thay đổi cấu trúc thức ăn: làm mềm, xay nhuyễn, băm nhỏ).
o    Trị liệu nuốt nhằm tăng cường sức mạnh cơ học và cải thiện sự phối hợp vận động của các cơ tham gia quá trình nuốt. 
o    Kiểm soát và điều trị tối ưu các bệnh lý đồng mắc.
-    Cảm giác vướng họng (Globus pharyngeus): 
o    Giải thích cơ chế và trấn an tâm lý cho bệnh nhân. 
o    Điều trị thử bằng thuốc ức chế bơm proton (PPI) nếu có bằng chứng hoặc nghi ngờ lâm sàng liên quan đến bệnh trào ngược dạ dày - thực quản (GERD). 
-    Túi thừa Zenker: 
o    Đối với túi thừa kích thước nhỏ và không có triệu chứng: Theo dõi định kỳ. 
o    Đối với túi thừa kích thước lớn hoặc có triệu chứng lâm sàng:
    Phẫu thuật nội soi cắt vách ngăn túi thừa - thực quản bằng máy khâu nối (stapler) hoặc hỗ trợ bằng laser (Endoscopic Staple/Laser-assisted Diverticulotomy). , 
    Phẫu thuật mở vùng cổ cắt bỏ túi thừa (chỉ định khi túi thừa quá lớn, thất bại hoặc không thể tiếp cận qua nội soi). 
-    Màng thực quản sau sụn nhẫn (Postcricoid web): 
o    Bổ sung sắt đường uống hoặc đường tĩnh mạch nếu có tình trạng thiếu máu thiếu sắt kèm theo (hội chứng Plummer-Vinson). 
o    Nong màng thực quản qua nội soi bằng ống nong hoặc bóng giãn. 
-    Bệnh lý ác tính vùng hầu họng, hạ họng và thực quản: 
o    Điều trị đa mô thức: Cá thể hóa điều trị bằng phẫu thuật, xạ trị, hóa trị hoặc phối hợp các phương pháp. , 
o    Phẫu thuật: Áp dụng phẫu thuật vi phẫu laser qua đường miệng (Transoral Laser Microsurgery - TLM) đối với các tổn thương giai đoạn sớm , hoặc phẫu thuật triệt căn mở rộng đối với giai đoạn tiến triển. 
o    Xạ trị hoặc hóa - xạ trị đồng thời: Thường được chỉ định cho các khối u giai đoạn tiến triển tại chỗ - tại vùng hoặc với mục tiêu bảo tồn chức năng cơ quan. 
o    Phục hồi chức năng nuốt và hỗ trợ dinh dưỡng: Đóng vai trò then chốt, đặc biệt trong và sau quá trình điều trị. Chỉ định đặt ống thông mũi - dạ dày (NG tube) tạm thời hoặc mở dạ dày ra da qua nội soi (PEG) để nuôi dưỡng lâu dài khi có nguy cơ suy dinh dưỡng hoặc hít sặc cao. , -
-    Liệt dây thanh âm (gây hít sặc): 
o    Trị liệu âm ngữ và phục hồi chức năng nuốt.
o    Áp dụng các kỹ thuật bù trừ tư thế khi nuốt (ví dụ: xoay đầu sang bên liệt để đóng xoang lê bên liệt, dẫn hướng viên thức ăn xuống bên lành). 
o    Phẫu thuật bơm làm đầy dây thanh (Injection laryngoplasty) hoặc phẫu thuật chỉnh hình sụn giáp đưa dây thanh vào trong (Medialization thyroplasty) nhằm cải thiện độ khép kín của thanh môn và giảm thiểu nguy cơ hít sặc. 
-    Rối loạn nuốt do nguyên nhân thần kinh (Đột quỵ, bệnh Parkinson, xơ cứng cột bên teo cơ...): 
o    Trị liệu nuốt: Thực hiện các bài tập vận động cơ vùng miệng - hầu và áp dụng các biện pháp bù trừ (thay đổi tư thế đầu - cổ, điều chỉnh độ đặc của thức ăn và chất lỏng). , 
o    Hỗ trợ dinh dưỡng: Đặt ống thông mũi - dạ dày hoặc mở dạ dày ra da qua nội soi (PEG) khi việc nuốt bằng đường miệng không đảm bảo an toàn hoặc không cung cấp đủ nhu cầu dinh dưỡng. 
-    Trị liệu nuốt (Swallowing Therapy) thực hiện bởi Chuyên viên Âm ngữ trị liệu (SaLT/SLP): 
o    Đánh giá toàn diện và chi tiết chức năng nuốt lâm sàng và cận lâm sàng.
o    Thiết kế các bài tập chuyên biệt nhằm tăng cường sức mạnh cơ học, cải thiện biên độ vận động và sự phối hợp của các cơ quan tham gia vào quá trình nuốt. 
o    Hướng dẫn các kỹ thuật bù trừ và nghiệm pháp nuốt chuyên biệt (như tư thế gập cằm, nuốt gắng sức, nghiệm pháp Masako, nghiệm pháp Mendelsohn). 
o    Điều chỉnh độ đặc của thức ăn và độ nhớt của chất lỏng phù hợp với từng mức độ rối loạn nuốt của bệnh nhân. 
o    Tư vấn và phối hợp xây dựng chế độ dinh dưỡng hỗ trợ hoặc thay thế phù hợp. 
o    Đồng hành và hỗ trợ tâm lý cho bệnh nhân và người chăm sóc.