Một cách tiếp cận lâm sàng kỹ lưỡng, bao gồm khai thác bệnh sử và thăm khám thực thể chi tiết, là nền tảng để chẩn đoán rối loạn nuốt. . Các bước chi tiết:
Bước 1: Gặp gỡ ban đầu và Sàng lọc 
-    Tạo mối quan hệ tốt, môi trường thoải mái.
-    Sử dụng câu hỏi sàng lọc:
o    "Việc nuốt của bác/cô/anh/chị thế nào?" 
o    "Điều gì xảy ra khi nuốt? Có bị ho hay sặc không?" 
o    Hỏi về khó khăn khi nhai, cảm giác mắc nghẹn, thay đổi thói quen ăn uống. 
-    Phân biệt ban đầu: Triệu chứng gợi ý vùng hầu họng (khó bắt đầu nuốt, ho, sặc, trào ngược lên mũi) hay thực quản (cảm giác nghẹn sau xương ức sau khi nuốt). , , 
Bước 2: Khai thác Bệnh sử Chi tiết , 
-    Thời điểm và Diễn tiến:
o    Khởi phát: Đột ngột (dị vật, viêm) hay từ từ? 
o    Thời gian: Kéo dài bao lâu?
o    Diễn tiến: Liên tục, từng cơn (rối loạn vận động ), hay ngày càng nặng (nghi ngờ ác tính , )?
-    Bản chất Khó nuốt:
o    Với loại thức ăn nào: Chỉ chất rắn (tắc nghẽn cơ học , ), chỉ chất lỏng (bệnh lý hầu họng ), hay cả hai (rối loạn vận động , )?
o    Vị trí cảm giác nghẹn: Ở cổ (hầu họng) hay sau xương ức (thực quản)? 
-    Triệu chứng đi kèm: 
o    Ho, sặc, nghẹn khi nuốt (nguy cơ hít sặc, vấn đề hầu họng). , 
o    Thay đổi giọng nói (giọng ướt, khàn - gợi ý hít sặc vào thanh quản). , 
o    Đau khi nuốt (odynophagia - viêm, nhiễm trùng). 
o    Sụt cân không giải thích được (dấu hiệu cảnh báo ác tính, bệnh nặng). , , 
o    Trào ngược: Thức ăn chưa tiêu hóa (túi thừa Zenker, co thắt tâm vị , ), vị chua (GERD ).
o    Ợ nóng, ợ hơi (GERD). 
o    Trào ngược lên mũi (rối loạn chức năng hầu họng). 
o    Viêm phổi tái phát (biến chứng hít sặc). , 
o    Các triệu chứng khác: Hôi miệng (túi thừa), chảy nước bọt, nhai kém. , 
-    Tiền sử bệnh lý: 
o    Thần kinh: Đột quỵ, Parkinson, ALS, MS, sa sút trí tuệ, nhược cơ. , 
o    Ung thư đầu cổ và điều trị (phẫu thuật, xạ trị). , 
o    Bệnh hô hấp: COPD, tiền sử đặt nội khí quản. 
o    Bệnh tiêu hóa: GERD, viêm thực quản EoC, co thắt tâm vị. 
o    Bệnh mô liên kết: Xơ cứng bì. 
o    Đái tháo đường. , 
o    Dị ứng. 
o    Tiền sử phẫu thuật vùng cổ, thực quản.
-    Thuốc đang sử dụng: Gây khô miệng (kháng cholinergic, histamine, chống trầm cảm), ảnh hưởng nhu động (opioid), gây viêm thực quản (NSAID, KCl). -
-    Tiền sử xã hội: Ảnh hưởng thói quen ăn uống, chế độ ăn, hút thuốc, rượu bia. 
Bước 3: Thăm khám Thực thể , 
-    Đánh giá tổng trạng:
o    Tình trạng dinh dưỡng (BMI, dấu hiệu suy mòn). 
o    Tình trạng mất nước.
o    Tình trạng tinh thần, nhận thức. 
o    Tư thế. 
-    Khám Tai Mũi Họng và Khoang miệng, Hầu họng: , 
o    Răng miệng: Tình trạng vệ sinh, răng giả. 
o    Niêm mạc: Loét, u, sưng nề. 
o    Lưỡi: Vận động, sức cơ, đối xứng, teo, rung giật (fasciculation). , , , 
o    Khẩu cái mềm: Nâng đối xứng khi nói "a". 
o    Phản xạ: Nôn (IX, X) (lưu ý không có không loại trừ nuốt an toàn ), ho chủ động. 
o    Cảm giác vùng miệng họng. 
o    Nước bọt: Khô miệng (xerostomia) hay tăng tiết (sialorrhea). 
o    Sờ cổ: Tìm hạch, khối u tuyến giáp.
-    Nội soi Tai Mũi Họng ống mềm: Đánh giá mũi họng, hạ họng, thanh quản.  Quan sát tồn đọng nước bọt, thức ăn; đánh giá vận động dây thanh, đóng hạ họng khi nuốt (nếu thực hiện FEES). Có thể bỏ sót tổn thương vùng xoang lê, sau nhẫn. 
-    Đánh giá Thần kinh: 
o    Khám các dây thần kinh sọ: V, VII, IX, X, XI, XII. 
o    Đánh giá sức cơ toàn thân, dáng đi. 
-    Đánh giá Nuốt tại giường (Bedside Swallow Evaluation - BSE): 
o    Cho bệnh nhân ngồi thẳng. 
o    Thử nuốt với các lượng và độ đặc khác nhau (nước, lỏng sệt, đặc, rắn). Có thể dùng nghiệm pháp uống 90ml nước. 
o    Quan sát:
    Khép môi, nhai, vận động lưỡi.
    Sự nâng lên của thanh quản (sờ). 
    Dấu hiệu hít sặc: Ho, sặc, giọng ướt/khàn, thay đổi nhịp thở, trào ngược mũi. 
    Chậm khởi động nuốt, nuốt nhiều lần, tồn dư thức ăn trong miệng. 
o    Nghe âm thanh nuốt ở cổ bằng ống nghe (Cervical Auscultation). -
o    Lưu ý: BSE có hạn chế trong phát hiện hít sặc im lặng và đánh giá chi tiết giai đoạn hầu, thực quản. ,  Độ nhạy và đặc hiệu thay đổi. 
Bước 4: Nhận diện Kiểu hình lâm sàng và Đánh giá dấu hiệu cảnh báo
-    Phân loại:
o    Hầu họng vs. Thực quản (-, -)
o    Cơ học vs. Chức năng/Rối loạn vận động (-, -)
-    Xác định các Dấu hiệu Cảnh báo (Red Flags): -
o    Sụt cân không chủ ý.
o    Nuốt đau (Odynophagia).
o    Khó nuốt tiến triển nhanh.
o    Nôn ra máu, đi cầu phân đen.
o    Thiếu máu thiếu sắt.
o    Khối u sờ thấy.
o    Khởi phát ở người > 50 tuổi. , 
Bước 5: Cân nhắc Khảo sát thêm 
Bước 6: Đưa ra Chẩn đoán sơ bộ và Kế hoạch xử trí ban đầu