Điều trị cần hướng đến giải quyết các nguyên nhân nguyên phát. Trong trường hợp bệnh nhân được loại trừ các bệnh lý thực thể, chẩn đoán khó tiêu - ợ hơi cơ năng được thiết lập, chúng ta có lựa chọn điều trị theo trình tự như sau :
•    Nếu bệnh nhân có đau vùng thượng vị, ưu tiên sử dụng nhóm thuốc giảm tiết (kháng histamin H2, ức chế bơm proton)
•    Nếu bệnh nhân có khó chịu sau ăn, ưu tiên sử dụng nhóm thuốc tăng làm trống dạ dày
•    Có thể phối hợp các nhóm thuốc chống trầm cảm, vốn là nguyên nhân thường gặp của tình trạng ợ hơi khó tiêu cơ năng