Là dạng sai số hệ thống xảy ra khi có sự khác biệt về phương pháp chọn đối tượng nghiên cứu vào các nhóm nghiên cứu khác nhau. Sai số chọn bao gồm sai số tham gia (participation bias), sai số đáp ứng (response bias), sai số theo dõi/bỏ cuộc (follow- up bias), sai số xác định/chẩn đoán tình trạng bệnh (verification bias), hiệu ứng công nhân khỏe mạnh (Healthy worker effect)…