Là nghiên cứu có mục tiêu đánh giá các thành phần đầu vào, quá trình hoạt động, đầu ra và tác động của hệ thống y tế. Nghiên cứu hệ thống y tế thường tập trung vào 6 cấu phần đầu vào (building blocks) gồm: lãnh đạo và quản trị (leadership and governance), cung cấp dịch vụ (service delivery), nhân lực y tế (health workforce), hệ thống thông tin y tế (health information system), vật phẩm y tế, vắc xin và công nghệ y tế (medical products, vaccines and technologies) và tài chính y tế (health system financing) (Hình 12).