Do đặc tính kháng viêm mạnh, indomethacin được sử dụng chủ yếu trong các bệnh viêm mô liên kết. Thuốc cũng có thể được dùng đường tiêm tĩnh mạch với liều 50 mg để kiểm soát các cơn đau cấp do sỏi niệu quản. Indomethacin giúp giảm đau hiệu quả ở 70-80% bệnh nhân. Cơ chế giảm đau của thuốc là do ức chế tổng hợp prostaglandin, từ đó giảm viêm và co thắt cơ trơn niệu quản. Đối với những bệnh nhân không đáp ứng với indomethacin, cần cân nhắc chuyển sang thuốc giảm đau opioid. Các tác dụng không mong muốn bao gồm ức chế kết tập tiểu cầu mạnh và nguy cơ cao gây giữ nước, đặc biệt nghiêm trọng hơn nếu dùng thuốc cho bệnh nhân suy thận, suy gan hoặc suy tim. Ngoài ra, indomethacin còn có thể gây ra các tác dụng không mong muốn nghiêm trọng trên hệ tạo máu.