Niêm mạc khoang mũi chính có vai trò quan trọng trong việc bảo vệ đường hô hấp là do cấu tạo đặc biệt của nó: được lót bởi biểu mô hô hấp (biểu mô trụ giả tầng có lông chuyển và tế bào đài) và có hệ thống mạch máu phong phú. Cấu trúc này đảm nhiệm các chức năng thiết yếu như: làm ấm không khí nhờ mạng lưới mao mạch dày đặc; làm ẩm không khí thông qua dịch tiết từ tế bào đài và các tuyến nhầy; đồng thời lọc sạch không khí khỏi bụi bẩn, vi khuẩn và các tác nhân gây hại khác bằng cách giữ chúng lại trong lớp chất nhầy và được các lông chuyển liên tục đẩy về phía hầu họng để loại bỏ (cơ chế thang máy nhầy-lông chuyển), trước khi không khí đi vào phổi.