Nếu bệnh nhân càng nhỏ tuổi và nếu viêm màng não càng nặng thì bệnh nhân càng dễ bị di chứng.

• ảnh hưởng trí tuệ, di chứng trí nhớ;
• rối loạn hành vi;
• chậm phát triển tâm thần vận động trên trẻ em;
• động kinh;
• mù;
• điếc;
• di chứng vạn động;
• não úng thủy;
• bệnh lý nội tiết liên quan đến vùng hạ đồi (đái tháo nhạt);
• trong trường hợp có tử ban với hoại tử lan tỏa: sẹo xấu, cắt chi, xuất huyết 2 tuyến thượng thận: 1 phần của hội chứng Waterhouse-Friderichsen.