Mục này hướng dẫn cách thức theo dõi và thực hiện các hoạt động của biên tập viên trong quá trình xử lý bản thảo bài báo (từ lúc nhận yêu cầu đến lúc xuất bản)
Bước 1: chấp thuận yêu cầu xử lý bài báo, và khởi động qui trình biên tập-phản biện.
Bước này xuất hiện khi tổng biên tập ghi nhận có yêu cầu mới (gửi bản thảo mới) của tác giả. Giao diện của Tổng biên tập sẽ có hình thức như sau, trong đó yêu cầu số 12 đang ở trạng thái "bài gửi" và chưa có ý kiến đồng ý cho xử lý.
Sau khi đồng ý chấp thuận xử lý bài báo, chương trình sẽ chuyển bài báo qua trạng thái đang phản biện. Như hình trên, đã có 1 yêu cầu (số 11) đã được gửi và đang chờ ý kiến của phản biện viên.
Video sau hướng dẫn cách thức chấp nhận bài báo và gửi cho phản biện
Bước 2: phản biện: ở bước này, tổng biên tập sẽ chọn phản biện viên và phân công bài báo này. Bên cạnh đó tổng biên tập cũng có thể yêu cầu tác giả bổ sung thêm thông tin, tư liệu phục vụ cho quá trình biên tập bài báo.
Bước 3: biên tập: Khi mà bài báo được các phản biện chấp thuận, tổng biên tập sẽ có ý kiến quyết định chấp nhận hay từ chối xuất bản. Nếu bài báo được chấp nhận, tổng biên tập sẽ cho chuyển quy trình qua bước biên tập bài báo.
Bước 4: Xuất bản: Một khi đã hoàn thành xong bản trình bày của bài báo, các biên tập viên sẽ xuất báo cáo ở dạng in (ví dụ như là PDF). Tập tin này sẽ phục vụ cho việc phát hành trên trang web.