Nhiều thế hệ bác sĩ khi bắt đầu thực hành lâm sàng thường tiếp cận chẩn đoán dựa trên kinh nghiệm tích lũy một cách thụ động: thực hành lâm sàng → nhận phản hồi từ người hướng dẫn → điều chỉnh hành vi theo lối mòn kinh nghiệm, thiếu đi cơ sở lý luận vững chắc để tự giải đáp các câu hỏi cốt lõi: “Tại sao cần khai thác thông tin này?” hay “Tại sao phải định hướng tiến trình chẩn đoán theo lộ trình này?”.
                TIẾN TRÌNH BIỆN LUẬN LÂM SÀNG
                              │
         ┌────────────────────┼────────────────────┐
         ▼                    ▼                    ▼
Thu thập dữ liệu       Phân tích & Đối chiếu    Quyết định lâm sàng
  (Từ người bệnh)     (Hệ thống tri thức)    (Can thiệp/Điều trị)

Về bản chất, chẩn đoán lâm sàng là một quá trình biện luận lâm sàng động (Dynamic Clinical Reasoning Process) của bác sĩ lâm sàng, được đặc trưng bởi ba giai đoạn cốt lõi:
1.   Thu thập dữ liệu lâm sàng từ người bệnh (bao gồm bệnh sử, tiền sử, triệu chứng cơ năng, triệu chứng thực thể và các yếu tố dịch tễ liên quan).
2.   Đối chiếu, phân tích các dữ liệu đã thu thập với hệ thống tri thức y khoa tích lũy (đặc biệt là các kịch bản bệnh tật - illness scripts và mô hình bệnh học).
3.   Đưa ra các quyết định lâm sàng tiếp theo nhằm tối ưu hóa quá trình can thiệp và điều trị cho người bệnh (chỉ định cận lâm sàng phù hợp hoặc thiết lập phác đồ xử trí tối ưu).