Nhiễm virus đường hô hấp trên: Đây là nguyên nhân gây sốt phổ biến nhất ở trẻ nhỏ. Tuy nhiên, bệnh nhân này không có các triệu chứng điển hình như ho, sổ mũi.

Nhiễm trùng huyết sơ sinh: Trẻ có biểu hiện sốt, bú kém, mệt mỏi. Cần phải cấy máu để loại trừ. Tuy nhiên, việc có dấu hiệu viêm tại họng và nguồn lây rõ từ mẹ giúp khu trú chẩn đoán hơn.

Nhiễm Herpes simplex (HSV) sơ sinh: Có thể gây sốt, bú kém. Tuy nhiên thường sẽ có các mụn nước đặc trưng ở miệng, da hoặc mắt.

Viêm họng do các vi khuẩn khác: Ít gặp hơn ở lứa tuổi này.