Trong giai đoạn sớm (chỉ có viêm họng), chẩn đoán phân biệt bao gồm viêm họng do virus, liên cầu, EBV. Khi bệnh đã diễn tiến nặng, các chẩn đoán phân biệt chính bao gồm:

• Nhiễm trùng huyết từ một ổ nhiễm khác (viêm nội tâm mạc, viêm phổi...): Cần loại trừ bằng cấy máu, siêu âm tim. Tuy nhiên, việc có ổ áp-xe cổ và huyết khối tĩnh mạch cảnh khu trú rõ nguyên nhân từ vùng họng.

• Áp-xe cạnh hầu đơn thuần không có huyết khối tĩnh mạch: Bệnh nhân cũng có sốt, đau cổ, có ổ áp-xe trên CT-scan, nhưng sẽ không có bằng chứng huyết khối trên siêu âm Doppler và không có hình ảnh thuyên tắc phổi.

• Các bệnh lý tăng đông khác gây huyết khối tĩnh mạch cảnh: Hiếm gặp ở trẻ em và thường không có bệnh cảnh nhiễm trùng rầm rộ như vậy.