Chẩn đoán sùi mào gà chủ yếu dựa vào lâm sàng và tiền sử quan hệ tình dục. Đối với những tổn thương không điển hình (tăng sắc tố, xâm lấn, loét, dễ chảy máu) có thể cần các xét nghiệm cận lâm sàng khác để chẩn đoán.