Sau khi thu thập thông tin từ bệnh nhân, phân tích các dấu hiệu và triệu chứng, rồi tổng hợp chúng thành một "biểu diễn vấn đề" (Problem Representation) hoặc "kịch bản bệnh lý của bệnh nhân" (Patient Illness Script) súc tích và chính xác, bước tiếp theo trong quy trình biện luận lâm sàng là hình thành các giả thuyết chẩn đoán.

1. Từ biểu diễn vấn đề đến giả thuyết: [0000 Tai lieu goc.txt]

•  Kích hoạt "Kịch bản bệnh lý": Khi bác sĩ lâm sàng xây dựng được một Biểu diễn vấn đề (ví dụ: "Bệnh nhân nam, 45 tuổi, đau thắt ngực trái kiểu đè nặng khi gắng sức, lan lên vai trái, giảm khi nghỉ, có tiền sử tăng huyết áp và hút thuốc lá"), các "kịch bản bệnh lý" (Disease Illness Scripts) tương ứng trong trí nhớ dài hạn sẽ được kích hoạt [0000 Tai lieu goc.txt]. Những "kịch bản bệnh lý" này là các khối kiến thức được tổ chức một cách hệ thống về các bệnh lý cụ thể, bao gồm dịch tễ học, diễn tiến thời gian, biểu hiện lâm sàng điển hình và cơ chế bệnh sinh [0000 Tai lieu goc.txt, carolin.txt].
•  Hình thành giả thuyết: "Hình thành giả thuyết (Hypothesis Generation) là quá trình xây dựng các giả thuyết giải thích tiềm năng hoặc các chẩn đoán phân biệt dựa trên dữ liệu ban đầu và biểu diễn vấn đề này" [0000 Tai lieu goc.txt]. Đây là giai đoạn tư duy nhằm trả lời câu hỏi: "Nguyên nhân nào khả dĩ nhất gây ra tình trạng này?".
•  Mục tiêu: Thiết lập một danh sách sơ bộ (có thể mở rộng hoặc khu trú) các chẩn đoán phân biệt (Differential Diagnosis - DDx). Danh sách này đóng vai trò là cơ sở định hướng để thu thập thêm thông tin nhằm xác nhận hoặc loại trừ các khả năng.

2. Cách thức hình thành giả thuyết ở chuyên gia và người mới bắt đầu:

Có sự khác biệt rõ rệt trong phương thức hình thành giả thuyết giữa chuyên gia và người mới bắt đầu, phản ánh sự khác biệt trong cấu trúc và cách thức tổ chức kiến thức y khoa:
•  Chuyên gia (Experts):
    o  Thường đưa ra ít giả thuyết hơn nhưng có độ chính xác và chất lượng cao ngay từ đầu [0000 Tai lieu goc.txt]. Điều này đạt được là nhờ khả năng sử dụng "nhận dạng mẫu" (pattern recognition) [0000 Tai lieu goc.txt, carolin 2.txt] và các "kịch bản bệnh lý" phong phú, có sự liên kết chặt chẽ trong trí nhớ [0000 Tai lieu goc.txt, carolin.txt].
    o  Họ nhanh chóng đối chiếu các "mẫu" dấu hiệu/triệu chứng lâm sàng với các "kịch bản bệnh lý" đã được tích lũy, dẫn đến việc đưa ra chẩn đoán nhanh chóng thông qua tư duy phi phân tích (Hệ thống 1 thuộc Lý thuyết tiến trình kép - Dual-Process Theory) [0000 Tai lieu goc.txt, carolin 5.txt].
    o  Ví dụ: Một chuyên gia tim mạch khi tiếp cận ca bệnh đau ngực mô tả ở trên có thể ngay lập tức nghĩ đến hội chứng mạch vành cấp mà không cần qua nhiều bước trung gian, bởi biểu hiện của bệnh nhân hoàn toàn trùng khớp với kịch bản bệnh lý đã được định hình sẵn trong tâm trí họ.
•  Người mới bắt đầu (Novices):
    o  Do tích lũy lâm sàng còn hạn chế và các "kịch bản bệnh lý" chưa được hoàn thiện, người mới bắt đầu thường phải dựa vào phương pháp "lập luận giả thuyết - diễn dịch" (hypothetico-deductive reasoning) [0000 Tai lieu goc.txt, carolin 2.txt] và "Hệ thống 2" (tư duy chậm, phân tích và có chủ ý) [0000 Tai lieu goc.txt, carolin 5.txt].
    o  Họ thường bắt đầu với một danh sách chẩn đoán phân biệt dài hơn và cần đến các công cụ hỗ trợ tư duy để đảm bảo tính toàn diện, tránh bỏ sót các bệnh lý nguy hiểm.